擁有科學的散熱通道同樣是N96的一大特色，側面板處理器位置以及機箱正下方預留出大面積柵孔，正/側/背面均可安裝有散風扇，（前板可安裝120MM風扇、側板可安裝140/120MM風扇、后板安裝90/80MM風扇）能最大程度上照顧到處理器、顯卡、及PCI設備的全方位散熱，而如果想再加大進風量的用戶，還可以將風扇尺寸增大。從散熱效果圖可以看出，N96散熱通道能科學高效地進行熱冷空氣的交換。
